Ela acreditava que a ciência era a única forma de progresso para a sociedade moderna. A frase original, cunhada pelo positivista Augusto Comte, era "o amor por princípio, a ordem por baixo e o progresso por cima". Já os outros símbolos foram herdados do estandarte na época imperial, mas ganharam novo significado.
O retângulo verde, que passou a representar nossa natureza, antes remetia à Casa de Bragança (a família de dom Pedro I). O amarelo, hoje símbolo da riqueza mineral do país, era a cor da Casa de Lorena (da arquiduquesa dona Leopoldina, esposa de dom Pedro I). E o círculo azul era a esfera armilar, também presente na bandeira portuguesa do Império. Agora, indica nosso céu estrelado.
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